Chlorine aquafit làm bất hoạt vi sinh vật bằng cách làm hỏng màng tế bào của nó. Một khi màng tế bào bị suy yếu, clorin có thể xâm nhập vào tế bào, làm gián đoạn quá trình hô hấp và hoạt động của DNA (hai quá trình cần thiết cho sự tồn tại của tế bào vi sinh vật gây hại)